Embrio FST UIN SGD Bandung diawali dengan pembukaan PS tahun 2000. Secara berturut-turut PS menerima mahasiswa baru dari tahun akademik 2000/2001, 2001/2002, dan 2002/2003, kemudian dilanjutkan pada tahun 2005/2006. Pendirian FST UIN SGD Bandung beriringan dengan perubahan IAIN menjadi UIN. FST UIN SGD Bandung berdiri atas dasar Permenag RI tanggal 16 Maret 2006 Nomor 6 Tahun 2006 tentang Ortaker UIN SGD Bandung. Dalam memenuhi kebutuhan tenaga fungsional dosen dan struktur kepemimpinan pada FST UIN SGD Bandung, berdasarkan SK Rektor UIN SGD Bandung Nomor: Un.05/A/Kp.07.6/101/2006, tentang pengisian dosen ditetapkan 12 orang dengan berbagai keahlian dan disiplin ilmu. Berdasarkan SK Rektor Nomor: Un.05/A/Kp.07.6/138/2006, dibuka 5 PS untuk FST UIN Bandung yaitu Matematika, Biologi, Fisika, Kimia, Teknik Pertanian, Teknik Elektro dan Teknik Informatika. Tahun akademik 2008/2009 dibuka PS Fisika dan Kimia. Dengan demikian, FST UIN SGD Bandung memiliki 7 PS.

        Dekan pertama adalah Dr. Ir. M. Subandi, MP (2006–2010) ditetapkan berdasarkan SK Rektor Nomor: UN.05/II.2/KP.07.6/037/2010 dibantu oleh para Pembantu Dekan (Pudek) yaitu: Pudek I Dr. Terry Sriwana, M.Sc., Pudek II Drs. Opik Taupik Kurahman, M.Ag., dan Pudek III Dr. Abdul Kodir, M.Ag. Dekan FST UIN SGD Bandung dilanjutkan oleh Dr. Opik Taupik Kurahman (2014-2019) berdasarkan SK Rektor Nomor: UN.05/II.2/KP.07.6/151/2015 dan dibantu oleh Wadek I Dr.Cecep Hidayat, MP, Wadek II Dr. Yani Suryani, M.Si. dan Wadek III Dr. Asep Supriadin, M.Si. Saat ini, FST UIN SGD Bandung dipimpin oleh Dr. Hasniah Aliah, M.Si. untuk masa khidmat 2019-2023 berdasarkan SK Rektor Nomor: 401/Un.05/II.2/KP.07.6/08/2019 dengan Wadek I Dr. Yudha Setia Perkasa, M.Si, Wadek II Dr. Elis Ratna Wulan, MT dan Wadek III Dr. Aep Saepuloh, M.Si.